U sklopu dugoročnog procesa institucionalne revitalizacije i programske rekonceptualizacije Zavoda za hrvatsku povijest, 5. lipnja 2001. godine utemeljen je Centar za komparativnohistorijske studije kao jedna od njegovih ustrojbenih jedinica.
Sukladno novim programskim orijentacijama i proširenim znanstveno-istraživačkim interesima, Centar za komparativnohistorijske studije ulazi u novu fazu rada kao Centar za komparativnohistorijske i interkulturne studije (CKHIS).
